猪肠道杯状病毒(PSaV，又称札幌病毒、诺瓦克样病毒)： 1980年首次发现，1999年鉴定，PSaV(嵌杯病毒科)在2-8周龄之间小猪的粪便中非常常见。PSaV可引起无特定菌猪的腹泻和肠粘膜脱落，而在欧洲，感染PSaV的猪与腹泻猪和健康猪之间没有明显差别。虽然PSaV分型较多，且为人畜共患病原，但却没有明确的证据证实其对猪致病。猪诺瓦克样病毒(PNoV)也是高度分化的和常见于健康动物粪便的病毒。2012年，从未腹泻猪的粪便中亦分离到PNoV。最近，从上海郊区腹泻仔猪(病因不明)的粪便中分离到一个新的基因型。使用包含此重组菌株的粪便悬液实验感染迷你猪，可引起急性胃肠炎，说明该病毒具有在猪和人类共存的环境中跨种传播的潜力。
 

　　猪星状病毒(PAstV)：PAstV(星状病毒科)，具显著的遗传多样性，普遍存在各个阶段健康猪(哺乳仔猪至屠宰生猪)的粪便中。在德国，野猪和20%的生猪宰后肉样均感染有PAstV。然而，有几项报告显示PAstV可引起小猪腹泻。虽然仍需要更多的研究来证实PAstV对商品猪是否致病，但毫无疑问PAstV是具有威胁性的人畜共患病原......
 

　　猪环曲病毒(PToV)：PToV(冠状病毒科)可以感染很多种家畜和人类，在很多国家特别是健康动物已有发现。然而，最近有证据表明，中国受调查农场中有45%为PToV阳性场，该病毒可能引起仔猪腹泻。仔猪PToV母源抗体水平从3周龄开始下降，这意味着断奶后血清抗体转阳可能是因为发生了感染。虽然PToV的致病机理仍不清楚，但由于它是人畜共患病原需要行业关注。
 

　　Aichivirus C(AiVC，以前称猪库布病毒)：AiV C(细小RNA病毒科)，于2008年在匈牙利的商业猪中首次发现。随后，在欧洲、亚洲、巴西和美国的无症状猪中都检测到了该病毒。所有报告均显示，随着年龄的增长，感染率逐渐下降。然而，最近有几个报告显示，AiV C可引起腹泻。韩国选取40栋栏舍(从哺乳仔猪到成年母猪)对AiV C感染进行调查，发现腹泻猪群的发病率比未腹泻猪群的高2-4倍。Shan等对腹泻猪和未腹泻猪的粪便进行研究，得出了相似的结论。在泰国和日本，腹泻病例的AiV C检出率也较高;在中国，约有36%腹泻猪为PEDV和AiV C的协同感染。目前，没有证据显示AiV C可以引起各年龄段猪群的肠道疾病，因果关联在任何年龄。然而，研究显示AiV C可引起病毒血症，因此，AiV C可能具有引起猪全身性疾病和肠道疾病的能力。
 

　　猪腺病毒(PAdV)：PAdV(腺病毒科)是无处不在的病毒，疾病的表现主要取决于宿主和敏感性。PAdV也是潜在的人畜共患病原，对养猪人危害较大。欧洲在售香肠中，有1-2%受到了PAdV感染，从而引起了消费者的关注。PAdV还是巴西南部水源的一种常见污染物(36份水样，30%为阳性)，可能是猪粪污染水源所致。PAdV会引起1-4周龄猪的腹泻、体重减轻和厌食以及弥漫性肠炎。PAdV还可导致小猪的发热和出血性小肠炎。虽然几十年来PAdV的潜在致病性，但由于它无处不在的特性，使得我们很难区分商品猪的感染来源。无论如何，这种病毒具有致病性和引发人畜共患病的潜力。
 

　　猪淋巴细胞白血病疱疹病毒(PLHV)：PLHV-1，-2，-3是猪的3个密切相关疱疹病毒，可在家养牛群和野猪群中广泛传播，临床症状不明显。虽然PLHV可垂直传播和水平传播，但可以借助剖腹产获得无PLHV猪。PLHV 与PCV2共同感染不会出现PMWS。PLHV具有致病性的唯一证据是，某报告称迷你猪在造血干细胞移植术后出现淋巴增生性疾病。被感染猪表现发热、嗜睡、厌食、白细胞指数升高和淋巴结肿大。因此，PLHV可能是影响异种器官移植术的一个因素。
 

　　细小双RNA病毒(PBV)：这些都是双链RNA病毒，宿主范围广，可引起动物和人特别是5岁以下儿童的腹泻和无症状感染。最近，利用深度测序技术已可鉴定健康猪粪便以及香港、科伦坡和斯里兰卡屠宰场猪的呼吸系统中的PBV。目前，它们的致病机理尚不清楚，但它们都是猪产业中具潜在威胁的人畜共患病病原。
 

　　对行业具有潜在影响的新兴疾病和综合征
 

　　新的新生儿猪腹泻(NNPD)：2008年以来，丹麦和瑞典新发一起新生儿流行性腹泻，抗生素治疗无效。欧洲对病例进行对照研究，发现NNPD并不是由产毒性大肠杆菌、产气荚膜杆菌A和C、难辨梭状芽孢杆菌(又称艰难梭菌)、轮状病毒、隐孢子虫、贾第虫或等孢子球虫等新生儿腹泻常见病原引起。丹麦选取了1-5日龄的51头腹泻仔猪和50头未腹泻猪进行研究，发现试验组的回肠和空肠更易发生绒毛萎缩和隐窝增生，并频繁分离到非溶血性大肠杆菌0157(P=0.06)，但瑞典的相关研究排除了大肠杆菌与NNPD的相关性。