另外，由于动物群体免疫压力，动物群中流行毒株由于逃脱中和抗体的作用可发生抗原漂移，如猪A型流感病毒含有8个独立的RNA节段，如果有2种毒株共同感染1个个体，在复制时它们就可交换彼此的RNA节段，通过基因重组产生含有来自不同亲本基因的新毒株，发生抗原转变，这就是世界各地不同时期流行猪流感病毒H—哑型不同的主要原因。
六、免疫程序不合理
1．给妊娠母猪接种弱毒菌苗，弱毒苗有可能进人胎儿体内，由于此时胎儿的免疫系统尚未成熟，结果导致免疫耐受和持续感染，引起流产、死胎或畸形，这种情况曾见于某些猪丹毒菌苗。
二二钩猪群遭受感染，那么这时疫苗还未诱导免疫力产生，猪群就会发生临床疫病，表现为疫苗免疫失败。由于疾病症状通常在接种后不久出现，人们就会误以为是由疫（菌）苗毒（菌）导致的发病。
3．未及时检测猪群免疫力，对接种后未产生保护性免疫力、抗体水平下降至临界值的猪只未进行及时补免，造成免疫空白，一旦强毒感染，就会导致发病。
4．给不健康的猪群接种，猪只不能产生抵抗感染的足够免疫力。
5．未选用合适的疫苗，如在猪瘟强毒流行地区，给猪免疫猪瘟、猪丹毒和猪肺疫三联苗，由于猪瘟病毒的免疫剂量较小，导致免疫效果不佳。
制定免疫程序要依据当地疫情、猪群免疫状态和本场饲养管理等，做好猪瘟母源抗体水平监测，以确定首免时间。定期监测猪群猪瘟病毒、猪伪狂犬病病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪细小病毒等的血清抗体，以确定猪群群体免疫力和野毒感染情况，为制等免疫程序提供依据。猪群的免疫接种时间应在疫病流行之前进行，另外要注意猪群的抗体水平，包括母源抗体水平。如果猪群存在较高水平的抗体，会极大地影响疫（菌）苗免疫效果。
据卓宜恒( 1990 )报道，仔猪1日龄中和抗体滴度在1：512以上，
