三、佐剂应用不合理。忽视黏膜免疫
通过给猪群皮下或肌内注射不含佐剂或含一般佐剂的灭活苗（包括油苗），可刺激机体免疫系统产生IgM和IgG廷抗体，但引起的细胞免疫较弱，保护黏膜表面的IgA生成很少，不能控制肠道、呼吸道、乳腺、生殖道部位等黏膜表面的感染。控制黏膜表面感染，需要依靠细胞免疫和分泌型IgA的作用。使用弱毒苗或高效佐剂的死苗，则可引起细胞免疫和黏膜免疫。如一些国外公司目前所生产的猪支原体肺炎灭活菌苗就可引起细胞免疫，起到保护作用。据报道，给猪接种猪链球菌灭活菌苗，对抵抗相同血清型致病性猪链球菌攻毒感染的保护率很低或无效。由于细胞免疫在抵抗猪链球菌感染中也起到很大作用，因此防制猪链球菌病必须接种相同血清型猪链球菌弱毒活菌苗。另外，胸膜肺炎放线杆菌或猪副嗜血杆菌病等菌苗的免疫效果也受佐剂影响。
四、疫苗的污染
目前，已发现有些疫病是通过接种疫苗而暴发的，如使用被牛病毒性腹泻—黏膜病病毒污染的小牛血清制作的弱毒苗，可导致猪群感染牛病毒性腹泻—黏膜病病毒；若牛病毒性腹泻—黏膜病病毒污染了猪瘟疫苗，则可抑制猪体内猪瘟病毒中和抗体的产生。
五、强毒株流行
持续性感染猪长期带毒、排毒，病原发生变异是免疫失败的重要原因，如妊娠母猪感染猪瘟强毒株、野毒株后，病毒可通过胎盘，造成乳猪在出生前即被感染，发生乳猪猪瘟。
