与美国一样，中国同时存在PRRSV-1和PRRSV-2，且PRRSV-2的影响更为显著。在之前的研究中，PRRSV-2被分为9个谱系，其中85%的序列属于4个主要的谱系：谱系1、谱系5、谱系8和谱系9；PRRSV-1被分为3个亚型（亚型1~亚型3）。而在最近的研究中，基于1989-2021年期间报告的82237个全球ORF5序列，对PRRSV-2的遗传分类进行了更新，进一步分类为11个遗传谱系（L1~L11）和21个亚谱系（L1A~L1F, L1H~L1J, L5A~L5B,L8A~L8E, L9A~L9E）。
对GenBank上收录的2023年中国ORF5序列进化树分析结果显示，在中国PRRSV-2主要有4种不同谱系（谱系1、3、5和8），还出现少量PRRSV-1（图1）。目前，以类NADC30毒株为代表的谱系1病毒已取代HP-PRRSV病毒，成为中国的主要流行毒株。
PRRSV在中国的演化进程中，其遗传多样性主要是由PRRSV自身的高突变率（4.7~9.8×10-2/位点/年）和频繁的重组事件导致的，同时宿主细胞的突变机制（如RNA碱基修饰）也会引入突变，这些突变能够赋予病毒更强的传染性、免疫逃逸和更高的复制效率。PRRSV的低复制保真度和MLV毒株在宿主中的复制能力，导致了病毒的毒力返强或增加了与野毒株重组的风险，从而出现更具毒力的毒株。
该综述表明，PRRSV在中国迅速演化，PRRSV-2出现了4个谱系（谱系1、3、5和8），偶尔出现PRRSV-1毒株。目前，以类NADC30毒株为代表的谱系1毒株已取代HP-PRRSV，成为中国的主要毒株。不断出现的重组和变异显著增加了PRRSV的遗传多样性，增加了PRRS预防和控制的复杂性和难度。
