3．基闽缺失苗 应用基因操作，将病原细菌或病毒中与致病性有关的基因序列除去或失活，使之成为无毒株或弱毒株，但仍保持免疫原性。
如最为成功的猪伪狂犬病基因缺失苗，不但免疫原性好，而且由于毒力基因的缺失，使其成为一种标记性疫苗，可用于鉴别诊断。因此，目前各国实施的猪伪狂犬病根除计划，就是用gE –基因工程伪狂犬病活疫苗配合gE鉴别诊断试剂盒来实施的，而且基本都获得了成功。虽然，到目前为止这类疫苗中成功的例子还不多，但的确是研制疫苗的一个重要方向。
4．核酸疫苗 又名基因疫苗或DNA疫苗，是一种或多种抗原编码基因克隆到真核表达载体上，将构建的重组质粒直接注入到体内而激活机体免疫系统。它所合成的抗原蛋白类似于亚单位疫苗，区别在于核酸疫苗的抗原蛋白是在免疫对象体内产生的。
5．合成肽疫苗 也称为表位疫苗，是用化学合成法人工合成类似于抗原，决定簇的小肽（约20~40个氨基酸）作为疫苗。此种疫苗研究最早始于口蹄疫病毒( FMDV )合成肽疫苗，主要集中在FMDV的单独B细胞抗原表位或与T细胞抗原表位；结合而制备的合成肽疫苗研究。
目前，我国研制的猪口蹄疫O型合成肽疫苗已获一类兽用新生物制品，保护效果不错，而且同常规的口蹄疫病毒灭活苗相比，副作用较小，是一种很有希望的疫苗。
6．转基因植物可食疫苗 将病原微生物抗原编码基因导入植物，人或动物食用含有该种抗原的转基因植物后，产生对病毒、寄生虫等病原菌的免疫能力。据报道具有一定的效果。
7．抗独特型疫苗
