爱荷华州立大学的研究团队近期对爆发蓝耳病的农场进行了采样，并对获得的毒株进行全基因组测序，以确定这些农场的蓝耳病毒株的具体情况。结果发现，90%的农场同时存在多种毒株，有些农场甚至存在4种以上的毒株。
研究人员将这种情况描述为蓝耳病“病毒云”，它们共同循环并不断演变。该研究团队中的Linhares博士说：“不存在特定的某一病毒株或某一同源的病毒循环，大概所有正在与蓝耳病病毒作斗争的农场，面对的都是一个蓝耳病病毒家族，各毒株的相关性有时候很高，有时候并不高。”
在蓝耳爆发后，开始致力于恢复生产的时候，通常会对稳定时间（即从疫情爆发到可以持续生产蓝耳阴性断奶仔猪所需要的时间）进行评估。爱荷华州立大学的研究提出了一些可以缩短稳定时间和减少生产影响的因素。其中有几个值得注意的是：
闭群管理增加了最终实现稳定的成功率。
与目标是实现蓝耳病低流行率但不一定完全净化的猪群相比，目标是实现蓝耳病阴性状态的猪群，最终实现稳定的概率要高一倍（80%vs 40%）。
具有相对较高遗传变异性的猪场（三个或以上毒株）与两个或更少毒株的猪群相比，实现低流行率的平均时间增加了12周。
与检测到三个以上毒株或发生病毒重组的猪场相比，没有检测到病毒重组的猪场，每千头母猪的仔猪损失减少1827头。
了解目前农场的蓝耳病流行情况，对于决定采取何种应对措施是至关重要的。因此，建议正在经历蓝耳病爆发的配种-断奶猪场都应该进行全基因组测序， 留好样本，后续需要的时候，或对结果有疑问的时候可以进行再拿出来测序检查。血清学结果往往是金标准，特别是在CT值较低的时候，另一个有效样本是肺部组织样本。而死猪舌尖液是一个比较新的方法，就检测核酸来说，舌尖液的灵敏度与处理液（processing fluids）、血清、口腔液的灵敏度相似。
ISU的研究人员说，在处理液、血清以及口腔液样本的CT值意外下降时，以及在PCR阳性结果的持续时间不典型时，可以考虑使用舌尖液样本。使用死胎的舌尖液可以帮助确定感染是源于繁殖猪群（垂直传播）还是产房（水平传播）。
每种采样方法都有其优点，比如，处理液对于监测整个猪群的病毒活跃度来说非常好。口腔液更适用于监测断奶猪群的病毒活跃度，血清样本是进行全基因组测序的理想选择，而舌尖液可以帮助评估是否为垂直传播。
由于涉及到成本问题，清群-复养方案可能是一个令人痛苦的选项，但这种方案可以消除场内蓝耳病流行形势的模糊性。通过闭群管理获得成功的时间并不确定，进而导致引入后备和配种的时间不确定。当然不是所有情况下都需要进行清群-复养，但清群-复养方案可以获得一个更确定的结果和时间表。
许多生产者希望与蓝耳病共存，而不是持续与之斗争。然而，研究表明，高流行率的病毒和多毒株混合流行会导致巨大损失。蓝耳病还会导致猪群产生免疫抑制，所以它为其他病原的感染打开了大门。而且，蓝耳病病毒的不同毒株在临床上的表现也不同，给每个生产环节都带来巨大的破坏。
