2、新病毒学说：从腹泻仔猪中检测出：
A、博卡病毒Boca(上海兽医研究所、新疆农大、华中农大等建立了猪Boca病毒PCR检测方法，对我国部分猪场191份临床样品检测，结果75份为猪Boca病毒阳性)。
22个发病场105份病料检测结果显示存在高致病性Coli混合/继发感染
开始认为这三种病毒是这一轮腹泻的元凶。但后 未发生腹泻的猪体内也可检出这种博卡病毒和Kobu病毒， 所以不太可能是发病的主要病原，最多是帮凶的一员，其致病性趋向定位于伴随病毒。新病原的检测以及基因比对工作正在进行。
3、病毒变异学说：冯力研究员介绍：“去年温度很高的情况下依然发生腹泻”，与病毒的变异可能有一定的关系，目前已检出大量的流行性腹泻病毒，而且初步确定为PED的新毒株。10-11年在东南亚许多国家也发生了腹泻，韩国最早鉴定为PED II型病毒，我国的检测结果与韩国基本相同。该毒株的S基因与韩国的毒株同源性很高，而与我国传统的毒株相差很远。变异性轮状病毒的研究也有一定进展。
4、混合感染：仅有个别猪场有肠型伪狂犬病性腹泻，肠型猪瘟性腹泻和肠型蓝耳PRRSv。
5、耐药性大肠杆菌：2007年以来，有一种超级耐药的大肠杆菌，对几乎所有常用的抗生素都产生耐药性。在腹泻猪中也检测到了大量的耐药大肠杆菌。
6、仔猪球虫：球虫破坏了肠道健康，不仅引起消化障碍，还增加肠道细菌、病毒的感染机会，也是这次腹泻的帮凶。
7、肝源性腹泻：肝脏与胆囊的损伤引发胆汁分泌障碍形成的肝源性腹泻在本次腹泻非常明显;证明，环境因子(霉菌毒素)作用于母体，母体传递给胎儿，新生仔猪成为肝源性腹泻的病猪。
8、猪病专家杨汉春教授：这次多个地区发生和流行仔猪腹泻性疾病，主要病原是猪流行性腹泻病毒PEDV，其次是传染性胃肠炎TGEV，也还有猪轮状病毒病RV、Kobu病毒病等，部分养殖场还有致病性大肠杆菌和沙门氏菌继发感染。
通过对病毒的分析，与先前的流行猪流行性腹泻、传染性胃肠炎等疫病临床病例相比，这次流行毒株主要引起哺乳仔猪的严重疾病，对妊娠母猪和其他生长阶段的猪没有明显影响，是一针新毒株与韩国基本相同。
该毒株的S基因与韩国的毒株同源性很高，而与我国传统的毒株相差很远。病毒的病原学特性和致病特性还有待于深入研究。
