对欧洲PRRS毒株病毒壳糖蛋白进行肽扫描分析，结果显示，猪抗PRRS病毒抗血清可识别21个抗原区域，并且猪个体在识别模式方面存在差异。对肽特异性猪抗体进行提纯之后进行了功能分析。能够识别出GP4的aa 57-68肽的猪抗体具有强烈的PRRS病毒中和作用，成为疫苗开方向上的重点。然而，由于这一区域的巨大变异，交叉中和作用并未出现，葬送了疫苗的梦想。此外，在GP2上发现了两个中和抗原区域，GP3上发现了另外两个中和抗原区域。
GP3上其它中和抗原区域都很保守，大部分感染猪体内都发现了针对这个区域的中和抗体。对于疫苗研发来说，这是一个有趣的区域。在M和GP5上没有发现中和抗原区域。与其它病毒感染相比，细胞介导免疫时机延迟。细胞毒性T-淋巴细胞并未清除PRRS病毒感染的巨噬细胞，而自体免疫(NK)细胞的细胞毒性功能又被抑制。然而，一组尚未定义的白细胞亚群能够有效地溶解PRRS病毒感染的巨噬细胞
在开发蓝耳病疫苗和免疫程序的过程中，必须考虑到各种不同的因素。
首先，由于遗传变化，必须采用可改变的疫苗。
其次，在不同毒株之间的交叉保护方面还需要更多信息。这样才能确定，在针对特定区域/国家的疫苗中应该包含多少毒株，以及包含哪些毒株。同样非常重要的是基因型-血清型-保护型之间的联系。有些人持有的‘一种疫苗预防所有蓝耳病’的观点应该摒弃。
第三，必须找到猪体内控制蓝耳病仍然有效的机制，并通过疫苗加以激活。例如，保护过程中涉及了中和抗体。因此，它们的诱导就很重要。至于细胞介导免疫方面，需要进行更多研究，考察那组有效的白细胞亚群怎样能够激活。
第四，在猪群层次上制定控制病毒传播的措施。例如，对易感动物(阴性后备母猪、失去母源免疫之后的仔猪)进行的免疫最好应采用弱毒疫苗或载体疫苗。为了这个目的，较低的疫苗病毒滴度就足够了。而对于增强已有免疫力的情况，则应选用高抗原密度的疫苗。最好选用合适的PRRS病毒制成的高滴度弱毒苗或高剂量灭活苗。
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