1．病毒分离与鉴定
可采集胎儿或新生仔猪的鼻汁或鼻腔、喉头、结膜等拭子以及肺、肾、淋巴结等材料，接种肺泡巨噬细胞或输卵管类成纤维细胞，进行病毒分离，也可以用肺泡巨噬细胞直接培养分离病毒。接种病料后培养7-14d，观察细胞病变。用荧光抗体染色检查细胞核内包涵体出现情况，或检查细胞浆内的荧光抗原。如用已知标准毒株的免疫血清，以标准的病毒培养物为对照，对分离毒株进行中和试验，可对病毒分离物予以鉴定。病毒的形态观察和理化学特性检查，也有一定的参考价值。电镜检查在感染的细胞核和细胞浆内（主要为空泡内）能发现结晶状排列的病毒。
2．组织病理学的包涵体检查
对于全身感染的病猪，可采取鼻黏膜或其刮削物作组织染色标本检查，根据在鼻黏膜管状腺见到特征性成丛的膨大细胞及嗜碱性核内“鹰眼形”包涵体，不难作出诊断。也可根据组织切片中的嗜碱性核内包涵体和巨细胞作出诊断，或作冰冻切片，用免疫染色法检测病毒抗原，继而作出诊断。在急性感染的：幼龄仔猪肾和脑等组织，也可见到这种包涵体。
3．血清学检测
血清抗体检测是确证猪群中存在猪巨细胞病毒最可信的方法，本法也可以用于对剖腹产猪进行监测。对育肥猪随机采集血清样品，用IIF或ELISA检测
