PCV2的发病机理至今尚不清楚。Rosell等从2个慢性病例的病变发现，PCV2从猪的鼻、口侵人体内，在扁桃体、局部淋巴结增殖后，向其他淋巴组织、肺、肝、肾扩散。受慢性感染的影响，诱发免 ．疫抑制、肠炎、间质性肾炎及睥损伤。
Shibahara等研究表明PCV感染可诱导B细胞凋亡，从而导致机体免疫功能下降。Segales等、Dar-wich等通过流式细胞术对PMWS病猪外周血单核细胞进行研究表明，T细胞（包括CD4+、CD8+以及CD4+/CD8十阳性细胞）及B细胞数量均下降。从这些结果可以看出PCV感染可能干扰正常的免疫功能，从而致使机体抵抗力下降，导致发生PMWS，而且容易产生继发或并发感染，使疾病进一步恶化。
Allan等以PCV-2与PPV或PRRSV混合感染未经哺乳的仔猪，复制出了典型的PMWS症状及病变，而且还发现，PRRSV或PPV能促进PCV-2病毒的复制以及
