单克隆抗体技术和分子生物学诊断方法为诊断该病提供了方便。现已制备了多种针对核衣壳蛋白上不同抗原表位位的McAb。除由VR2332制备的McAb SDOWD可识别N蛋白上一个保守表位外，大多数McAb只能分别识别美、欧毒株，用于分型。由于PRRSV体外培养的实验室宿主系统PAMs、C L-2621、Marc-145不易获得及PRRSV不同分离株对以上细胞的选择适应性生长的限制，使得PRRSV的分离培养复杂、费时。人们开始利用RT-PCR，核酸探针、序列测定和原位杂交等方法对PRRS进行分子诊断和分型，+，从分子水平揭示抗原变异的基础和毒株演化过程。RT-PCR扩增病毒基因组的通用引物分别针对欧美毒株的特异性引物进行分型鉴定。嵌套性RT-PCR中同时使用通用引物和特异性引物在一次PCR反应中即可进行分型诊断。利用反转录扩增所得的cDNA片段进行放射性同位素或光敏生物素或地高辛标记后制备I)NA探针，通过Northern杂交检测PRRSV培养物或病料中提取的RNA，也是一种简便、稳定的诊断方法。另外对PRRSV的基出序列分析的研究表明：欧洲型和美洲型可能是病毒在环境选择压力下进化成的不同基因型，PRRSV的基因分型和抗原分型基本一致，其基因序列的差异是抗原型差异的基础。
