猪病毒的种类多达数千种，为了研究及应用的方便，对病毒必需进行分类。20世纪50年代以前，由于对病毒的基本特性了解很少，主要根据病毒所致的疾病及组织或器官嗜性分类，未能反映病毒的本。1961年Looper建议，以病毒核酸作为病毒分类的首要标准，从此病毒分类开始形成较合理的框架。
病毒的分类方法有多种。过去按其寄生宿主的不同，分为动物病毒、植物病毒和细菌病毒。与人类疾病有关的病毒为动物病毒。临床上习惯按病毒入侵部位及引起的疾病进行分类，包括呼吸道病毒、肠道病毒、肝炎病毒、虫媒病毒、皮肤与黏膜病毒、神经病毒及肿瘤病毒七大类。现代分类法则根据国际病毒分类委员会的决定，按病毒核酸类型的不同，首先将其分为DNA病毒和RNA病毒两大类。然后再按核酸的结构和分子质量、病毒体的结构、形状和大小等因素，将动物病毒分为1 9个病毒科。
亚病毒( subvirus )是近年来科学家们发现的比病毒更小的传染因子，包括类病毒、拟病毒和阮病毒。
1．类病毒( viroid ) 1971年，美国Diener等在研究马铃薯纺锤形块茎病时发现其传染因子比病毒更小（约为最小病毒体的1/20），仅有核酸，不能编码蛋白质，故称为类病毒，其核酸为单股共价闭合环状RNA分子。1981年，又有人在患淋巴瘤的仓鼠体内发现DNA型类病毒。近来有学者认为类病毒可能是引起人类慢病毒感染的病原体。
2．拟病毒 在研究类病毒时发现的又一种引起植物病的亚病毒。其核酸为单股闭合环状的RNA分予，含300-400个核苷酸。拟病毒的二级结构与类病毒相似。
3．阮病毒( prion ) 美国Siner在研究羊痒病的病因时所发现的一种蛋白质感染因子。阮病毒对蛋白酶、蛋白变性剂敏感，而对核酸酶、核酸变性剂等有抵抗，提示其化学成分是蛋白质而不是核酸。阮病毒为直径25nm、长100 N 200nm杆状或纤维状物，奶牛疯牛病。近来有研究报道，阮病毒含有微量核酸。
1966年建立了国际病毒命名委员会(ICNV)，1973年更名为国际病毒分类委员会( interna-tionalcommitteeon taxonomy of viruses, lCTV ) ,作为国际公认的病毒分类与命名的权威机构。
病毒分类根据形态与结构、核酸与多肽、复以及对理化因素的稳定性等诸多方面。。随着分子生物学技术的发展，至1998年4月，已完成包括76种人类病毒在内的527株病毒的基因组全序列测定，病毒基因组的特征对分类愈来愈显得重要。如动脉炎病毒属原为披膜病毒科的一个属，现已独立为动脉炎病毒科( arteriviridae)，因其具有套式系列mRNA，与披膜病毒全然不同，尽管形态有相似之处。
分类的现状：根据Icrrv的分类报告，目前可把所有已知病毒分为233个属。其中204个属归于64个科，脊椎动物病毒为主的有27科，无脊椎动物为主的有5科，其余分别为植物病毒、细菌病毒（噬菌体）、真菌病毒，藻类和霉形体病毒。科下设属，有的科还分亚科，科和属是病毒分类的主要单位。
