35.兽用安钠咖管理规定(1999年3月22日农牧发〔1999〕5号公布，2007年11月8日农业部令第6号修订)
36.中华人民共和国动物及动物源食品中残留物质监控计划和官方取样程序(1999年5月11日农牧发〔1999〕8号公布)
37.中华人民共和国农业植物新品种保护名录(第一批)(1999年6月16日农业部令第14号公布)
38.中华人民共和国水生野生动物利用特许办法(1999年6月24日农业部令第15号公布，2004年7月1日农业部令第38号、2010年11月26日农业部令2010年第11号、2013年12月31日农业部令2013年第5号修订)
39.中华人民共和国管辖海域外国人、外国船舶渔业活动管理暂行规定(1999年6月24日农业部令第18号公布，2004年7月1日农业部令第38号修订)
40.农药管理条例实施办法(1999年7月23日农业部令第20号公布，2002年7月27日农业部令第18号、2004年7月1日农业部令第38号、2007年12月8日农业部令第9号修订)
41.动物疫情报告管理办法(1999年10月19日农牧发〔1999〕18号公布)
42.渔业船舶航行值班准则(试行)(1999年11月8日农渔发〔1999〕10号公布)
43.中华人民共和国农业植物新品种保护名录(第二批)(2000年3月7日农业部令第27号公布)
44.中华人民共和国渔业行政执法船舶管理办法(2000年6月13日农业部令第33号公布)
45.中华人民共和国渔业港航监督行政处罚规定(2000年6月13日农业部令第34号公布)
46.肥料登记管理办法(2000年6月23日农业部令第32号公布，2004年7月1日农业部令第38号修订)
47.中韩渔业协定暂定措施水域和过渡水域管理办法(2001年2月16日农业部令第47号公布，2004年7月1日农业部令第38号修订)
48.农业部植物新品种复审委员会审理规定(2001年2月26日农业部令第24号公布)
49.中华人民共和国农业植物新品种保护名录(第三批)(2001年2月26日农业部令第46号公布)
50.农作物种子标签管理办法(2001年2月26日农业部令第49号公布)
51.农作物商品种子加工包装规定(2001年2月26日农业部令第50号公布)
52.主要农作物范围规定(2001年2月26日农业部令第51号公布)
53.农业部、国家林业局令第53号(将念珠藻科的发菜保护级别由二级调整为一级)(2001年8月4日农业部、国家林业局令第53号公布)
