94.草原征占用审核审批管理办法(2006年1月27日农业部令第58号公布，2014年4月25日农业部令2014年第3号修订)
95.农业转基因生物加工审批办法(2006年1月27日农业部令第59号公布)
96.食用菌菌种管理办法(2006年3月27日农业部令第62号公布，2013年12月31日农业部令2013年第5号、2014年4月25日农业部令2014年第3号修订)
97.农业行政处罚程序规定(2006年4月13日农业部令第63号公布，2011年12月31日农业部令2011年第4号修订)
98.农业机械维修管理规定(2006年5月10日农业部、国家工商行政管理总局令第57号公布)
99.畜禽遗传资源保种场保护区和基因库管理办法(2006年6月5日农业部令第64号公布)
100.畜禽新品种配套系审定和畜禽遗传资源鉴定办法(2006年6月5日农业部令第65号公布)
101.优良种畜登记规则(2006年6月5日农业部令第66号公布)
102.畜禽标识和养殖档案管理办法(2006年6月26日农业部令第67号公布)
103.蚕种管理办法(2006年6月28日农业部令第68号公布)
104.农业机械质量调查办法(2006年8月20日农业部令第69号公布)
105.农产品包装和标识管理办法(2006年10月17日农业部令第70号公布)
106.农产品产地安全管理办法(2006年10月17日农业部令第71号公布)
107.联合收割机及驾驶人安全监理规定(2006年11月2日农业部令第72号公布，2010年11月26日农业部令2010年第11号修订)
108.无规定动物疫病区评估管理办法(2007年1月23日农业部令第1号公布)
109.兽用生物制品经营管理办法(2007年3月29日农业部令第3号公布)
110.农民专业合作社示范章程(2007年6月29日农业部令第4号公布)
111.兽药进口管理办法(2007年7月31日农业部、海关总署令第2号公布)
112.中华人民共和国植物新品种保护条例实施细则(农业部分)(2007年9月19日农业部令第5号公布，2011年12月31日农业部令2011年第4号、2014年4月25日农业部令2014年第3号修订)
