畜牧业的供给侧结构性改革，已成为畜牧业向现代化全面转型升级的重要保障。7月5日，在中国发展研究基金会举办的《变革三农：农业供给侧结构性改革的挑战与对策》报告发布会暨研讨会上，中国农业科学院农业经济与发展研究所研究二室副主任、教授王明利称，畜牧业供给侧改革面临着疫病防控形势仍较严峻、核心科技对外依存度高、国际竞争力不强等挑战。
比如，近年来，各类重大疾病在中国时有发生，每年带来的直接经济损失近1000亿元，特别是2004年爆发的高致病性禽流感给家禽业养殖户造成了严重损失；2005年发生在四川的猪链球菌病和2006年蔓延到全国的高致病性猪蓝耳病，引起了生猪生产下降和价格的剧烈波动，严重影响着生猪产业的健康发展，成为拉动2008年全国 CPI 快速上升的重要因素，也牵动了国家领导人的多次关注。2012年秋冬季节发生的H7N9流感，初步测算，截至2013年4月21日，中国家禽业约已损失230多亿元；2014年H7N9流感又给国内的家禽业带来400亿元的损失。
前几年，全国范围内发生的仔猪流行性腹泻，一直困扰着国内生猪生产效率的提升，基本上每一次猪价的大幅波动背后都有疫病流行的影子。2014年，家畜小反刍兽疫的发生，成为其后几年国内肉羊价格大跌和养殖户亏损的直接原因。当前，随着疫病防控体系进一步健全和防控力度的不断加大，尽管疫情总体稳定，但局部地区出现的一些人畜共患病仍不可小觑，特别是从种畜开始的疫病源头净化工作长期而艰巨。
此外，非洲猪瘟自从2018年8月在中国首次爆发以来，至今已经持续将近1年时间。
王明利接受第一财经记者采访表示，非洲猪瘟对畜牧业的影响是很大的，既有直接影响，也有间接影响。直接影响就是预期今年猪肉产量至少下降10%，重创养猪业，许多养猪业者亏损很大，即使市场行情预期很好，一方面没能力及时补栏，另一方面也不敢积极补栏。间接影响，一是对国内兽医防控体系建设提出更高要求，二是对国内禽业、牛羊业提出加快发展的要求，以及时补位猪肉的缺口。
他表示，这种影响预计短期难以结束，根据国际经验，短则持续3-5年，长则持续10年以上。
王明利称，2016年，我国畜牧业总产值占农业的比重为28.3%，而目前，主要发达国家畜牧业占农业的比重都在40%以上，我国畜牧业比重继续上升的趋势不可逆转。从国内经济发展及人民生活改善的需求看，总人口仍在增加，城镇化仍在加速推进，且目前人均肉蛋奶占有量与发达国家相比差距还很大，人均肉蛋奶消费量和占有量都还有很大的增长空间。
同时，畜牧生产的一些关键环节科技创新任务艰巨，对外依存度仍然较大大。
首先，我国畜禽及牧草种质资源对外依赖大。国内种猪市场“洋三元”已成主流，市场份额占80%以上，国内地方品种市场份额不到20%；白羽肉鸡种源全部依赖进口，肉鸭品种中进口的“樱桃谷鸭”国内市场占有率超过80%，禽蛋产量50%左右由国外蛋鸡品种提供；肉牛中西门塔尔、利木赞、夏洛莱、和牛、安格斯等优质肉牛品种都源自国外；黑白花、娟珊等主要高产奶牛品种都是从国外引进；波尔、杜泊、陶赛特、萨福克等肉羊品种都来自国外；2017年，苜蓿、三叶草、羊茅及黑麦草种子进口量分别达到1237吨、2932吨、15202吨和31279吨，分别是2010年进口量的3.4倍、1.5倍、1.2倍和2.1倍。
畜牧业生产各环节的机械设备许多都依赖进口。近年来，尽管我国畜禽养殖及饲草料生产机械设备生产取得一定成效，但与国外机械相比还存在很大差距，对外依赖程度依旧较高。
再比如，中国养殖业的国际竞争力不高。一方面，我国主要畜禽养殖的生产效率仍不高，比欧美、日韩等发达国家普遍要低。以能繁母猪每年提供的育肥猪头数（MSY）为例，我国为16头，而美国等发达国家普遍都在20头以上；另一方面，由于资源禀赋差异，特别是养殖技术差异、饲养管理水平和理念等多方面差异，导致我国主要畜禽生产的成本普遍比国际上相应畜禽的主产国高很多，导致在国际市场上没有成本优势，竞争力不强。
他表示，从生产和供给来看，尽管受到的资源、环境等约束越来越大，但通过实施畜牧业转型升级，通过科技进步的提升，不断提升资源的利用效率和生产效率，提升畜禽的个体生产能力来提供更多的肉蛋奶。目前与发达国家在这方面的差距仍然很大，潜力也很大。此外，充分利用“两种资源和两个市场”，实施“走出去”战略，以满足国内消费者的需求。
