正常有机肥发酵的温度主要通过翻堆和强制通风来调控，一般遵循“时到不等温、温到不等时”的原则，既在发酵前期，既使发酵起温缓慢甚至不起温，48h后必须翻堆或通风，避免堆体形成厌氧环境；
在槽式翻抛机堆肥发酵高温阶段当堆温低于50℃，应及时翻堆，氧气减少，导致堆体内反应逐渐减少，从而温度降低，提高堆温，促进有机物分解和杀死有害微生物；在发酵后期，一旦温度超过65℃，必须及时翻堆，防止有机物质碳化和氨化。
据目前发酵技术来看，有机肥发酵时的温度在20℃~80℃之间，温度太高或太低都会影响发酵的速度和效果。现在有机肥发酵多采用菌种来进行发酵，不仅加快了发酵的速度，而且是发酵更加彻底。
槽式翻抛机堆肥发酵温度及过程
有机肥原料中本身就存在着各种菌群，再加上发酵专用的菌种，在条件适宜时，微生物菌群开始大量繁殖，使原料中的微生物含量增多，发酵时产生的热量使温度不断变化，促使适应各个温度段的菌类对有机肥原料进行分解发酵。
根据温度不同，有机肥发酵过程分为三个阶段：低温期、高温期、降温期（保温阶段）。
低温期，温度在20℃--35℃左右。此时，中温性微生物繁殖旺盛，开始对有机肥原料进行分解。分解过程中产生的热量不断使有机肥发酵原料堆温度升高，使发酵过程进入下一个阶段。
高温期，温度在40℃~70℃左右。此时，微生物菌群大量繁殖，对有机肥原料的分解和发酵的速度大大加快。在这个阶段中，原料中的虫卵病菌，逐渐被杀死。随着热量累积，当温度超过70℃后，低温微生物菌会死掉，高温菌活性也会降低，发酵速度会减慢。通常会对有机肥发酵原料进行翻堆处理，防止温度过高导致的发酵速度减慢。
降温期（保温阶段），随着发酵过程的结束。发酵堆温度逐步降低下来直到与略高于室温。然后封堆保存。
