1.收集与运输问题
畜禽粪污的收集与贮藏有多种方法，应综合考虑设施类型、劳力需求、投资和粪污综合管理体系。露天系统和室内系统有不同的要求和选择。露天系统要求两种处理方法，固体粪污采用铲车和前端装载机进行收集和运输，液体粪污则采用径流收集和运输。室内系统可将粪污贮藏在地下或室外的容器中。
2.贮藏问题
粪污贮藏的结构应该满足管理上的要求，并避免对环境特别是地表水和地下水造成污染。粪污的特性决定着贮藏的类型。粪污可按液体、半固体和固体处理，稀释水和垫料数量影响贮藏系统的选择。
3.畜禽粪污的处理问题
为了降低畜禽粪污的体积、减少臭气并杀死其中的病原体和杂草，通常采用物理、化学和生物三种方法对粪污进行处理。物理处理主要通过简单的沉降、过滤和干燥过程来改变粪污的特性。化学处理是向粪污中加人一定物质来帮助改变其性质。生物处理则是利用粪污中的微生物作用来改变其性质。
4.臭气控制问题
臭气是有机物分解过程中产生的易挥发的物质。主要有含硫和含氮物质如硫化氢和氨。良好的管理包括适当的粪污处理系统和整个设施内的整洁与卫生是控制臭气的重要方面。
5.害虫控制问题
许多害虫如苍蝇、蚊子和鼠尾蛆在畜禽粪污中繁殖、传播疾病、降低产量和污染食品。保持良好的卫生状况，辅以多种农药喷杀，以控制苍蝇的繁殖。蚊子的卵只有在水中才能孵化，因此，水的管理是有效控制蚊子繁殖的重要因素。
6.安全事项问题
畜禽粪污分解产生的气体主要有氨气、二氧化碳、硫化氢和甲烷，人畜接触高浓度的上述气体会导致死亡。设施内必须具有良好的通风条件，以保证人畜的安全。
7.农田应用问题
为到达大的养分利用和小的环境影响,下列指南应该遵循：测定土壤确定土壤肥力水平；测定粪污确定养分含量；选择适当的施用量，不超过作物对养分的需求，避免土壤污染扩作物损害，粪污流失；施用液体粪污前应检查土壤水分状况，调节施用量，避免流失。
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