非洲猪瘟在实际中并不总是表现出完整的临床症状。在疫病的早期阶段或当少数动物受到感染时，很难实现临床诊断。因其症状容易与其他疾病的症状相混淆，临床诊断非洲猪瘟通常是推测性的，在实验室确诊前，任何诊断都不具有结论性。
猪繁殖与呼吸综合征（PRRS）
猪繁殖与呼吸综合征也被称为“猪蓝耳病”，其特点是在猪的生长和育肥期出现肺炎以及妊娠母猪流产。通常伴有发烧、皮肤发红，特别是耳部出现青色淤血，同时也会出现腹泻等症状。高致病性的猪繁殖与呼吸综合征主要表现为高死亡率、高发热、嗜睡、厌食、咳嗽、呼吸困难、跛行、青紫/发蓝（耳朵、四肢和会阴）。尸体解剖能够发现包括肺部病变（间质性肺炎）和淋巴器官（胸腺萎缩、淋巴结肿大和出血）以及肾脏瘀斑出血等症状。
猪丹毒
这种由猪红斑丹毒丝菌引起的细菌性疾病，通常在仔猪中看到急性死亡，尽管死亡率通常比非洲猪瘟低得多，但其特征是突然死亡。在成年猪中，与急性非洲猪瘟一样，脾脏可能充血并明显肿大。其他的剖检病变包括肺部和周边淋巴结充血，以及肾脏、心脏和胃浆膜的出血。本病通过细菌分离实验可以确诊，青霉素等有良好的治疗作用。微观的变化与典型的非洲猪瘟不同。
猪伪狂犬病
猪伪狂犬病，在感染的动物中引起生殖系统和严重的神经系统症状，经常导致死亡。仔猪受影响最严重，在前两周死亡率可达100%。仔猪通常发烧、停止进食，并表现出神经症状（颤抖、痉挛、瘫痪），经常在24-36小时内死亡。在胎儿或仔猪中，肝脏上出现白斑是病毒感染的高度特征性变化。
除了上述的主要的鉴别诊断病种外，养猪人还需要考虑其他可能的情况，包括普遍的败血症或出血（瘀血）等。
