猪场全进全出饲养模式已经被很好地证明，对于集约化猪场健康和生物安全具有重要贡献作用。但是，全进全出系统可能对小型猪场实际生产和经济效益有一些负面作用。
当有病原潜入或传播到猪场，全进全出模式可以很好地解决这个问题。但是，不是所有系统或模式都是普遍适用的，在环境总体安全的情况下，全进全出模式可能也并不是适合所有的猪场。这就像谚语说的“不要把所有的鸡蛋放在一个篮子里面”，对于影响生产效益或经济效益方面，我们应该多一些备用方案。对于一些小型猪场，全进全出模式可能并不是最适合的。
何为全进全出模式?
全进全出模式，就是将日龄、体重相似的同一批猪通过相同的饲养阶段，即同一栋猪舍(或同一个猪场)内的猪在同一天转进，又在同一天转出，不同批次猪只不能相互混合。猪只统一从一个饲养阶段转移到另一个饲养阶段，如仔猪从产房转移到保育舍，当这批猪转移走后，产房栏舍要进行彻底的清洗消毒空置，直到下一批次猪只进来。
全进全出模式是切断猪场疾病循环的重要措施，因为在猪舍内有猪的情况下，始终难以彻底干净地冲刷和消毒。
实用性
全进全出模式的运行，完全依赖于猪场栏舍条件和猪场规模大小，对于大型集约化猪场使用全进全出模式是有意义的，虽然同一批次猪只可能有不同年龄、不同位置，但此模式会要求保持一致的饲养进度。大型猪场有足够人力财力，按生产计划严格地把猪只根据生产阶段进行全进全出，但对于小型猪场而言，人力财力比较缺乏，没有足够的人力来完成全进全出的工作，随时可能去猪场最需要的地方，如产房母猪要分娩了，马上需要人员去接产。
全进全出模式如果在室外实施的话，也很具挑战性。为了保持每批次猪只绝对的隔离，可能需要空置2栏以上的圈舍，防止不同批次猪之间鼻子、嘴和粪便等的接触。即便如此，养殖区域空气的流通等也很难保证没有相互传染的风险。
经济性
完全按全进全出模式运行，可能要求增加更多的栏舍，栏舍的大小和数量还需要和其他栏舍相匹配，总之，需要新增更多的投资和建设。栏舍在不同批次猪只进出之间，均必须空置数天。猪场老板可能会觉得这样栏舍利用效率太低，可能会想其他更捷径的办法，如在猪只批次转运期间，建一些小的隔离栏，看起来似乎隔离了，似乎符合全进全出模式要求，但天花板等并没有隔离，如果空气流动或粪池共享，疾病传染的风险依然很大。
按批次的全进全出模式，资金流可能也有问题。在连续性的生产过程中，猪只有计划有规律地被送去屠宰，必须有充足的资金作为周转，不然必须等到这一批次猪只全部屠宰或卖掉，才有资金来源。如果有疫病的暴发，栏舍中的其他猪只感染病原的风险可能性更大。如小猪在保育舍的小单元中，死亡率可能会非常高，造成严重的经济损失。
生产性能
按照全进全出模式，相同生产阶段的猪只在一起饲养。理论上应该是全部猪只一样大小，但猪只个体有差异，常常发生猪群大小不一，均匀度差，倘若均匀度较差，将影响猪场整体生产水平。对于生产性能“掉链子”的猪只，在转到生长育肥舍之前，可能就没机会与其他猪只在同一营养水平和生长速度上，一旦转到下一阶段栏舍，可能更要为食物去打斗和争抢。因此，部分专家或学者建议分配更多营养给这些均匀度较差的猪只，满足它们的需求，使它们能够尽快达到其他猪只的平均水平。
健康性
按传统的经验来说，全进全出模式剪断了疾病传播的途径和阻止了疾病暴发的可能性。但病原存在于猪场的任意角落，对未来疾病威胁毫无准备的小猪而言，存在安全隐患。即使栏舍消毒做得十分好，但因病猪或带毒猪能够经过呼吸道、消化道、泌尿生殖道不断向环境中排放病原，污染猪舍、猪栏。有些猪场固然在设计的时候是遵守全进全出模式设计，但因为生产方面存在问题，如存在生长迟缓或有些猪发病，可能在原来猪舍或一起转到其他栏舍继续饲养，而病猪或生长迟缓的猪带毒量更高，毒力更强，所以更危险。部分小猪可能从母乳获得部分母源抗体，如果周围环境和猪只之间的病原不是很严重的情况下，小猪体内的母源抗体还是可以降低感染的风险。
总结
全进全出模式对于大型集约化猪场生产是有许多优点，特别是降低疾病传播、改善生产管理和生产性能。然而，对于小型猪场，实行全进全出模式可能有一些不足之处。全进全出模式需要严格按生产计划实施，如果小型猪场经济发生危机，资金链断裂，可能就没有能力顺利周转。全进全出模式对于均匀度比较好的猪群来说是非常好的既定模式，但如果猪群中有比较小的猪只，销售时可能会打一定折扣，如果猪群中有更大的猪只需等到其他猪只一起出栏，可能这些大的猪只再饲养，饲料转换效率就偏低，将浪费大量金钱。
