研究显示，饲料及原料中有可能携带非瘟病毒，猪采食饲料就可能感染，因此，防控非瘟确保饲料的安全非常重要。无论是全价配合饲料还是浓缩料、自配料或饲料原料，都有可能被非瘟病毒污染，导致猪只感染。
确保饲料安全需要做好饲料原料的选择、原料仓库的消毒、高温制粒（全价料）、成品仓库消毒、运输途中不被污染、经销门店的消毒、猪场仓库的消毒等环节，尽可能将病毒不带入猪场。饲料入库后，建议在饲料库房里用高锰酸钾＋甲醛进行熏蒸密闭消毒，库房里用紫外灯长时间照射，或者用臭氧机进行消毒。
如果担心饲料中的病毒难以被完全灭活，也可以将饲料进行放置处理。
国外研究发现，所有动物饲料成分中非瘟病毒的平均半衰期为12.2天，最长半衰期为14.2天，也就是病毒全部失活时间为28.4天左右。意思就是如果饲料被非瘟病毒污染，在不做任何处理的情况下，只要将饲料或原料在库房里存放28.4天，饲料中的非瘟病毒就自然死亡了。
当然，要注意库房中存放的饲料或原料在存放过程中不能被二次污染。
猪场饲料及原料库房还很有必要进行分隔处理，建立A、B库，A、B库完全隔断，以免出现交叉污染。A库先进的饲料消毒后先用，而后购入的饲料在B库消毒后存放，A库饲料用完后再用B库饲料，如此交叉循环。
考虑到猪场的饲料或原料无法存放近一个月时间，因此，除了在做好入库后的消毒外，建议在饲料中添加0.5%生安四剑A和0.5%奥得曼A，在猪口鼻黏膜感染处贴膜，阻止非瘟病毒与猪黏膜受体结合，降低感染风险，同时提高猪只抗病力，通过自身的免疫细胞对抗病毒的攻击，最终将病毒清除，减少发病和死亡。
