1、疾病表现复杂，诊断困难
目前，多病原混合感染已成为猪病发生的主要形式，使得临诊表现和病理变化不及单纯感染那么典型，同时，非典型化病例的出现，使得猪病诊断更加困难。临床实践中，猪病诊断方法有流行病学诊断、临诊诊断、病理学诊断、微生物学诊断、血清学诊断及分子生物学诊断。但是，基层兽医常用的方法仍是流行病学诊断、临诊诊断或病理学诊断，有些甚至不会病理剖检，因此，诊断只凭经验，结果可想而知。
疾病诊断是治疗的前提，若诊断差之毫厘或错误，治疗则谬以千里。因此，当前猪病治疗难的主要原因之一就是诊断困难。
对策：掌握猪病诊断方法，拓宽疾病诊断思维。在掌握传统诊断方法同时，猪病实验室诊断技术将是今后猪病诊断的重要方向。因此，建议有条件的猪场或兽医门诊最好设猪病诊断实验室，规格不必太高，能进行常规细菌病和寄生虫病诊断，能利用诊断试剂盒、胶体金试纸等进行快速检测即可。
2、混合感染，影响疗效
当前猪病流行特点之一就是多病原引起的混合感染，如细菌与细菌、细菌与病毒、病毒与病毒或与寄生虫等。猪一旦发病，多为混合感染。多重感染带来的后果就是增加了诊断和防制的难度。同种治疗方法在单纯感染和混合感染病例上呈现出的疗效存在差异。原因在于细菌混合共存，其中一些菌能抵御或破坏宿主的防御系统，使共生菌得到保护。更为重要的是混合感染常使抗生素活性受到干扰，体外药敏试验常不能反映出混合感染病灶中的实际情况，故增加了治疗难度。
对策：(1)加强饲养管理，搞好环境卫生，增强猪体抵抗力。
(2)制定严格的消毒制度，科学选择和使用消毒药。根据当地疾病流行情况和猪场实际情况，制订切实可行的免疫程序，不可盲目照搬。
3、免疫抑制病危害严重
免疫抑制是由于免疫系统受到损害，导致机体对抗原应答能力下降，对疾病敏感性增强的一种免疫异常状态。引起免疫抑制的病因有非传染性因子和传染性因子两大类。非传染性因子有霉菌毒素、营养缺乏(如微量元素、维生素等)、药物因素(如氨基糖苷类、四环素类等)及应激因素等。传染性因子有猪圆环病毒、猪瘟病毒、猪细小病毒、伪狂犬病毒、猪蓝耳病病毒、猪流感病毒、肺炎支原体、胸膜肺炎放线杆菌及弓形体等。免疫抑制因子会破坏机体免疫系统，导致机体暂时性或永久性的免疫应答紊乱，增加了对某些疾病的易感性。使得在治疗时，除应对因治疗外，提高机体免疫力也尤为重要。
对策：做好免疫抑制病的预防接种;禁喂发霉变质饲料，饲料中添加霉菌毒素吸附剂，使用免疫增效剂提高机体免疫力，目前，使用的免疫增效剂有中药制剂，以中药和多糖成分为主;加强饲养管理，搞好卫生消毒，减少应激，给猪只创造一个良好的小环境。
4、有些病无药可医
猪病根据病因可分为传染病、寄生虫病、内科病和外产科等几大类，其中75%为传染病。到目前为止，许多传染病无有效治疗药物，特别是病毒性传染病，在治疗手段方面更是心有余而力不足。如口蹄疫、圆环病毒感染等。因此，对于目前尚无有效治疗药物的疾病来说，治疗难度可想而知。
对策：预防为主，在做好饲养管理同时，用中草药做好预防保健，若有商品化疫苗，可用疫苗免疫预防，减少此类病的发生。一旦发病，以提高机体自身抵抗力、控制继发感染为主，同时，可以疫苗紧急接种，是控制病毒性疾病的重要手段。
