（一）细菌学诊断
采取病猪的粪、尿或肝、脾、肾、肠系膜淋巴结，流产胎儿的胃内容物，流产病畜的子宫分泌物少许等作涂片镜检或分离培养。将被检材料制成涂片，天然干燥，用革兰染色镜检，沙门氏菌呈两端椭圆或卵圆形，不运动，不形成芽孢和荚膜的革兰阴性小杆菌。
将病料直接划线接种选择培养基（S.S琼脂、D.C琼脂）和鉴别培养基（麦康凯琼脂、伊红美蓝琼脂）各一平板，置37℃培养24h。沙门氏菌一般形成无色透明或半透明、中等大小，边沿整洁、光滑、较扁平的菌落。有的沙门氏菌因产生硫化氢，在S.S或D．C琼脂上形成中央带玄色的菌落。挑取沙门氏菌可疑菌落接种于双糖铁（或三糖铁）斜面，置37℃培养18-24h，观察底层葡萄糖产酸或产酸产气，产生硫化氢变棕玄色，上层斜面乳糖不分解、不变色，则可初步判断为沙门氏菌。必要时进行生化试验及动物接种实验等。
（二）血清学诊断
挑取双糖铁（三糖铁）斜面培养物做玻片凝集试验，将沙门氏菌A～F群多价血清滴l滴置玻片上，然后用铂耳挑取培养物少许，在血清滴中混和平均后观察，如凝集反应呈阳性，再分别用0单价血清作定组鉴定，以确定所属群别。
对流免疫电泳( CIE)、协同凝集试验( COA)、酶联免疫吸附试验( EIISA)、免疫荧光法、基因探针检测、重氮乳反向乳凝与乳凝试验等都可用于沙门氏菌的快速诊断。
（三）鉴別诊断
慢性猪瘟时大肠的钮扣状溃疡有时与副伤寒肠溃疡非常相似，但其数目较少，呈典型轮层状隆起，中心凹陷，而且肠系膜淋巴结不呈脑髓样增生。肝脏内也无小灶状坏死和副伤寒结节。
