在流行地区，当产房没执行清洗、消毒、空圈15d时，仔猪一出生就会接触污染的附近环境或母猪皮肤与乳头，随即将魏氏梭菌吸人，病菌侵小肠后，魏氏梭菌在小肠内大量繁殖，首先到达绒毛上皮组织，沿基膜繁殖产生毒素，使绒毛上皮脱落，绒毛固有层完全坏死。毒素引起小肠黏膜微血管发生浆纤维素性坏死性血管炎，并进一步发展为出血性和坏死性肠炎；同时通过肠壁吸收入的毒素引起肠毒血症，因腹泻、脱水发生酸中度和微轮回障碍，有效轮回血量减少，发生中毒性休克，临床上泛起病仔猪昏迷、无力、全身衰竭等一系列的症状群。进一步发展，形态学上坏死区扩展到黏膜肌层和黏膜下层，甚至侵入浆膜肌层。此时大部门细菌仍留在坏死的绒毛上，少数细菌穿人肠壁，在黏膜下层、浆膜下和四周的肠系膜淋巴结内繁殖形成气肿：在坏死形成过程中，肠壁的血管遭到破坏，造成严峻出血，以致肠内容物中含自人敏血液。至于死亡原因可因病型而异，有的是因毒素被吸收，形成毒血症而死亡；有的与小肠吸收障碍，造成低血糖有关；另有一些病例可能是因为继发性菌血症所致。
