病死猪尸体消瘦，鼻镜、唇内黏膜、齿龈舌面上发生大小不一的圆形水疱疹和糜烂病灶，个别猪局部感染化脓，有脓样渗出物，10日龄以内的仔猪由于疾病呈急性经过，口蹄疫典型的病理解剖学变化往往未及形成。有些猪见有卡他性—纤维素性口炎，卡他性出血性胃肠炎，偶见有糜烂，重症的猪可见心肌扩张、色淡与质变柔软，弹性下降、虎斑心。大多数仔猪呈现败血症的症状，剖检因并发症死亡的病畜除上述病变外，—可见吸人性支气管炎，严重的化脓性病变或各组织器官内移性脓肿，可出现脓毒败血症。、在因并发症死亡的动物可见严重的化脓性病变，尤其是蹄冠部的化脓性病变，在个别情况下伴有邻近骨骼的骨疡和骨炎以及化脓性或腐臭性关节炎；此外还见身体各部的转移性脓肿和实质器官的变性。在有些病例，直接致死的原因是异物性肺炎。乳房中可能有脓肿：个别情况下粪便带血或者肠道中有血液，膀胱黏膜表现出血性炎症。
在恶性型口蹄疫病例中，有时可见疱疹的残余，心脏质软，心肌或者全部呈主质性变性，类似煮肉状，有灰白色或淡黄色相间呈不规则的斑纹（虎斑心）。有时骨骼肌、嚼肌、舌肌和隔肌也有变性变化，表现为肌纤维的一种蜡状透明变性，迅速继以发炎和早期钙化。
组织学变化：病毒侵入表皮和真皮并在其细胞内进行复制，使上皮细胞逐渐肿大，周围发生水疱变性和坏死，以后细胞间隙出现浆液性渗出物，而后形成一个或多个小水疱，胞膜由棘细胞上面的颗粒细胞层和角质构成，其底为真皮的乳头层，内容物混有坏死的上上皮细胞、白细胞和极少量的红细胞及浆液。棘细胞层以上的表皮各层细胞，由于相互之间联合比较紧密，因此在变性时还保持了相之间的联系而形成网状变性在出现网状结构以前，细胞的原生质内产生大量的小空泡，乳头层的炎性变化为充血，血管周围有细胞浸润和白细胞游出，游出的白细胞大多积聚在棘细胞层的损伤细胞中间，其数量一般不多（有化脓伴发时例外），淋巴系统也发生凝栓性变化，造成淋巴淤滞而潴留在表皮内，淋巴内混有渗出物，使损伤的棘细胞层细胞之间的距离更加大了。这样，开始先形成只有在显微镜下能见到的小泡，逐渐联合而成为肉眼可见的小疱和口）口蹄疮疱，其胞膜由角质层形成，一部分由棘细胞层的上层形成，其底则置于真皮的乳头层上，大部分的柱状层通常都仍保存，只有大的乳头顶端常没有生发层细胞：继发死亡的病猪还表现心肌颗粒变性、脂肪变性、蜡样坏死和急性心肌炎。
