1、母源抗体干扰
母源抗体的被动免疫对新生仔猪来说十分重要，然而对疫苗的接种也带来一定的影响。免疫程序的关键是排除母源抗体干扰，确定合适的首免日龄。最好选定在仔猪持有的母源抗体不会影响疫苗的免疫效果而又能防御病毒感染的期间，即母源抗体为1：8~64时。如在母源抗体效价尚高时接种疫苗，即会被母源抗体中和掉部分弱毒，阻碍疫苗弱毒的复制，仔猪就不能产生坚强的主动免疫力。
因此，在母源抗体水平高时不宜接种弱毒疫苗。例如，仔猪的猪瘟免疫程序，根据猪瘟母源抗体下降规律，一般采取20~25日龄首免，而有猪瘟病毒感染或受猪瘟病毒威胁的猪场应实行乳前免疫，即在仔猪刚出生就接种猪瘟疫苗，待1小时后才让其吮初乳，在55~60日龄再加强免疫一次。
2、猪场发病史
在制定免疫程序时必须考虑猪场所在地区猪病疫情流行情况和该猪场已发生过什么病、发病日龄、发病频率及发病批次，依此确定疫苗的种类和免疫时机。对于本地区、本场尚未证实发生的新流行疾病，必须证明确实已受到严重威胁时才进行免疫接种。
3、免疫途径
接种疫苗的途径有注射、饮水、滴鼻等，应根据疫苗的类型、疫病特点及免疫程序来选择每次免疫的接种途径。例如：灭活苗、类毒素和亚单位苗不能经消化道接种，一般用于肌肉注射；有的猪气喘病弱毒冻干苗采用胸腔接种；伪狂犬病基因缺失苗对仔猪采用滴鼻效果更好，它既可建立免疫屏障又可避免母源抗体的干扰。合理的免疫途径可以刺激机体快速产生免疫应答，而不合适的免疫途径可能导致免疫失败和造成不良反应，同种疫苗采用不同的免疫途径所获得的免疫效果是不一样的。
4、季节性预防疫病
有些疾病的流行具有一定的季节性，如夏季预防乙型脑炎，秋冬季预防传染性胃肠炎和流行性腹泻。
5、不同疫苗之间的干扰与接种时间的科学安排
将两种或两种以上无交叉反应的疫苗同时免疫接种时，机体对其中一种疫苗的免疫应答降低，因此，为保证免疫效果，对当地比较流行的传染病最好单独接种，同时在产生免疫力之前不要接种对该疫苗有拮抗作用的疫苗，特别要提出的是，在免疫接种后，如果猪场短期内感染了病毒，由于抗原（疫苗）竞争，机体对感染病毒不产生免疫应答，这时的发病情况有可能比不接种疫苗时还要严重。例如，在接种猪伪狂犬病(PR)弱毒疫苗时，必须与猪瘟(HC)兔化弱毒疫苗的免疫注射间隔一周以上，以避免PR对HC的免疫干扰作用。又如猪繁殖与呼吸障碍综合征（PRRS）活疫苗影响猪瘟活疫苗的免疫应答。
