是指杀死病原微生物、但不一定能杀死细菌芽孢（灭菌能杀死芽孢）的方法，通常用化学的方法来达到消毒的作用，用于消毒的化学药物叫做消毒剂。
消毒剂使用时影响消毒效果的因素有很多，如消毒剂的有效成分、使用的方法、环境温度、干净程度、配比浓度、接触时间等。
消毒时物体表面会存在一些有机物（如血液、血清、分泌物、脓液、饲料残渣、泥土及粪便），有机物的存在会严重影响消毒剂消毒效果。
原因一：有机物覆盖在病原微生物表面，妨碍消毒剂与病原直接接触而延迟消毒反应，以至于对病原杀不死、杀不全。
原因二：部分有机物可与消毒剂发生反应生成溶解度更低或杀菌能力更弱的物质，甚至产生的不溶性物质反过来与其他组分一起对病原微生物起到机械保护作用，阻碍消毒过程的进行。同时有机物消耗部分消毒剂，降低了对病原微生物的作用浓度。
杀菌谱：无囊膜病毒：口蹄疫病毒、圆环病毒、细小病毒、脑心肌炎病毒、猪肠病毒。
囊膜病毒：蓝耳病、猪瘟、非洲猪瘟、流感、流行性腹泻等。
作用温度：除易挥发的消毒剂(如氯制剂、醛)外，较高的环境温度消毒效果要比低温好，温度升高不仅可以提高消毒剂的杀菌效果，也可以缩短消毒时间。
原因一：温度升高加快了消毒剂颗粒的运动速度，增加了消毒剂与细菌接触的机会，杀菌效果显著提升。
原因二：在低温环境下，大多数病原微生物处于休眠状态，对消毒剂有较强的抵抗力，如果栏舍内温度提高到20℃以上，可激活病原微生物，提高消毒效果。
原因三：温度变化对消毒效果影响的程度，随使用方法、药物以及微生物种类不同而异，一般可用温度系数表示。有的情况下，消毒处理本身就需要一定温度才可以，因此当温度降到极限以下，即无法进行处理。例如紫外线照射时，灯管本身输出的紫外线强度亦随温度降低而减弱。有的灯管在4℃时输出的强度只有27℃时的20-35％。
接触时间：消毒剂接触微生物后，要经过一定时间后才能杀死病原，只有少数能立即产生消毒作用，所以要保证消毒剂有一定的作用时间，消毒剂与微生物接触时间越长消毒效果越好，接触时间太短往往达不到消毒效果。被消毒物上微生物数量越多完全灭菌所需时间越长。此外，大部分消毒剂在干燥后就失去消毒作用，溶液型消毒剂在溶液中才能有效地发挥作用。
为了便于冬季低温消毒，提升消毒效果，可采取以下措施：
（1） 消毒前对物品进行彻底清洗（可使用清洁剂清理）、沥干。
（2） 可选择复合型消毒剂，按消毒剂说明书进行正确使用（如稀释比例(1:200、0.3%)、水质、消毒方式等）。
（5） 在-10℃左右消毒剂有效时间可能需要达到0.5h以上。
（7 ）冬季栏舍外消毒方式可以加入防冻剂（如2%氢氧化钠消毒池加入盐）或进行加热处理（如使用加热洗手消毒池）
低温对消毒剂的作用（消毒剂+病原菌状态）影响很大，建议冬季猪场的消毒选择在温度高的时间段进行，一般选择在上午10点至下午3点之间时进行消毒作业。图
猪场物品（鞋底、靴子、栏体等）上的有机质主要是猪舍的粪污。即使在猪舍粪污很少的情况下，粪污中的有机物也会消耗部分消毒剂，使消毒液的有效浓度降低，从而使圈舍不能彻底消毒。因此，在消毒之前要彻底清除栏舍内的残料、垃圾和墙面水管等处的污物，待沥干后再进行消毒，可使消毒剂充分发挥作用。污染严重的区域，消毒处理的剂量要加大，时间延长。在消毒工作中，规定的剂量一般都能使污染比较严重的物品(含菌量在10万/mL左右)达到消毒要求，并还留有一定的安全系数。除非污染特别严重，否则按规定的剂量处理即可。
在冬季，猪场舍内外湿度差异也很大，一般舍外比较干燥而舍内则湿度较大。许多消毒剂的消毒效果受湿度的影响。例如要杀灭猪舍空气中的细菌所使用的消毒剂甲醛或过氧乙酸，在相对湿度为70-80%效果较好。舍外消毒，可选择受湿度影响小的火碱消毒。
大部分猪场的栏舍外消毒池位于栏舍外，冬季低温消毒池的消毒效果影响很大，在温度很低或结冰的情况下基本上就没有消毒效果，但消毒池对进出猪场的车、人员消毒的不可缺少，为防止消毒池结冰，可在消毒池中撒入适量的防冻剂（食盐）。另外，在雨雪后应尽快更换消毒池的消毒液，因为雨雪降低了消毒液的有效浓度。栏舍外的洗手消毒池可以采取加热式的，一方面可以保证消毒效果，另一方面使洗手者舒适。
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