受国外引进品种冲击、地方品种开发利用滞后和畜禽遗传资源保护经费投入不足等因素影响，全国超过一半的畜禽地方品种数量呈下降趋势，举例来说：青海全省八眉猪种猪存栏仅500头，保种形势极为严峻。
落实畜牧法第13条建立或确定保种场的规定还有差距，国家级畜禽保护品种中有20个品种未完成国家级保种场认定；省级保护品种很多还没有建立保种场，云南省列入省级畜禽保护名录的47个品种有25个品种未建立省级保种场（区、库）。
落实第18条建立畜禽良种繁育体系的规定尚不到位，主要畜禽品种育种存在体系不完善、新技术应用滞后、育种投入不足且缺乏持续性、主要疾病未净化、地方特色畜禽资源开发利用不足等共性问题。
部分自主培育的畜禽品种生产性能与国外先进水平仍存在差距，能繁母猪年均提供育肥猪数量比发达国家低30%左右。
畜禽种业企业竞争力不强，繁多育少，具有较强竞争力的种业龙头企业少，真正做育种的企业更少。
