根据环境容量调整区域养殖布局，优化畜禽养殖结构
文件提出：加快现代畜牧业建设，根据环境容量调整区域养殖布局，优化畜禽养殖结构，发展草食畜牧业，形成规模化生产、集约化经营为主导的产业发展格局。
在2015一号文件提出“落实畜禽规模养殖环境影响评价制度，大力推动农业循环经济发展”后，今年的文件明确提出要“根据环境容量调整区域养殖布局，优化畜禽养殖结构”。
可见，将来畜禽养殖业将面临更加严峻的政策与环境挑战。
扩大粮改饲试点，加快建设现代饲草料产业体系
文件提出：2016年中央将启动实施种植业结构调整规划，稳定水稻和小麦生产，适当调减非优势区玉米种植。支持粮食主产区建设粮食生产核心区。同时扩大粮改饲试点，加快建设现代饲草料产业体系。合理调整粮食统计口径。
中央将制定划定粮食生产功能区和大豆、棉花、油料、糖料蔗等重要农产品生产保护区的指导意见。积极推进马铃薯主食开发。动物与人争夺口粮的问题逐渐被提上日程，今年1号文件提出要减少玉米种植月此前玉米库存过高有一点关联。
继续推进标准化规模养殖场(小区)
文件提出：创建优质农产品和食品品牌。继续推进农业标准化示范区、园艺作物标准园、标准化规模养殖场(小区)、水产健康养殖场建设。
规模化一直是畜牧业的政策扶持方向，未来畜禽规模化养殖仍将是国家推进的重点改革方向。
将强治理养殖面源污染
养殖面源污染的问题日渐突出，为了加快农业环境突出问题治理。中央希望2016年基本形成改善农业环境的政策法规制度和技术路径，确保农业生态环境恶化趋势总体得到遏制，治理明显见到成效。实施并完善农业环境突出问题治理总体规划。加大农业面源污染防治力度，实施种养业废弃物资源化利用、无害化处理区域示范工程。
养殖用水量大、污水量也大的难题，种养将稳步推进农业水价综合改革，实行农业用水总量控制和定额管理，合理确定农业水价，同时建立节水奖励和精准补贴机制，提高农业用水效率。完善用水权初始分配制度，培育水权交易市场。说白了就是少用水有有奖励，多用水要治理，而随意抽取地下水的行为将会被控制。
肉食药残留标准将与国际接轨
文件提出：到2020年，国内农兽药残留限量指标基本与国际食品法典标准接轨。对此将加强产地环境保护和源头治理，实行严格的农业投入品使用管理制度，实施兽用抗菌药治理行动。强化食品安全责任制，把保障农产品质量和食品安全作为衡量党政领导班子政绩的重要考核指标。
