1、副猪嗜血杆菌的免疫抑制问题
副猪嗜血杆菌虽然不是免疫性疾病，但是当猪场副猪嗜血杆菌病流行严重时，免疫效果很差，通过控制副猪嗜血杆菌后，可以得到明显的改善。可能的原因是，猪感染副猪嗜血杆菌后，由于体温长期高烧不退，使病毒在体内被灭活，一些弱毒苗，如猪瘟、伪狂犬疫苗在体内无法定植，因而造成免疫失败。另外，副猪嗜血杆菌会造成循环障碍，这也是造成免疫应答能力明显降低的一个重要原因。
2、副猪嗜血杆菌病理中的炎性渗出问题
发生副猪嗜血杆菌病的猪在胸腔、腹腔、关节腔的积液及纤维素性渗出物等均是副猪嗜血杆菌病理中炎性渗出和心性水肿所导致的结果，这也是治疗过程中必须解决的重要问题。
3、副猪嗜血杆菌的内毒素问题
为什么有些发生副猪嗜血杆菌病的猪只使用药物治疗时，症状不但不减轻，反而加重，甚至死亡？这是因为副猪嗜血杆菌和其他格兰氏阴性杆菌一样可以产生内毒素。内毒素是格兰氏阴性菌细胞壁中的一种成分，叫做脂多糖，对宿主有毒。内毒素只有当细菌死亡溶解或用人工方法破坏细菌细胞壁后才释放出来，所以叫做内毒素。
目前抗内毒素治疗比较有效的途径
一是限制内毒素的生成，
二是使用内毒素拮抗剂。黄芪多糖、等中药制剂可促使内毒素灭活，降低其活性，达到辅助治疗的目的。
4、为什么一些药物对副猪嗜血杆菌治愈效果不佳
在做药敏试验时有些药物对副猪嗜血杆菌敏感，但治疗效果不理想。这主要是因为副猪嗜血杆菌在浆膜、关节、脑膜、肺脏等部位数量多，而浆膜、关节、脑膜等处的毛细血管分布少，肺部与血液存在着血肺屏障，一般药物很难到达副猪嗜血杆菌分布的这些部位。因此，在药物的选用上，只进行药敏试验选用药物是不够的，必须使用穿透性强，组织分布浓度高的药物，只有这样才能深入到副猪嗜血杆菌附着的部位。
猪只一旦发生副猪嗜血杆菌，首选药物是头孢喹肟、其次是头孢噻呋等，以注射给药为佳。为使抗生素能到达脑部和关节腔，通常需要采用注射途径才可能有效。
