猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）是养猪业的一大威胁，在美国每年造成约12亿美元的经济损失。这种病毒主要通过引发繁殖障碍、导致母猪流产，以及仔猪断奶前高死亡率，从而给养猪场带来沉重的经济负担。
据调查，美国约有30%的繁殖母猪群每年都会遭受PRRSV疫情的侵袭。为了确认一个猪场是否处于PRRSV阳性稳定状态，通常需要进行科学的检测。具体方法包括从仔猪身上采集血清样本，或者利用处理液进行检测。这些检测手段能够帮助养猪场及时发现病毒的存在，从而采取相应的防控措施，减少疫情对猪群健康的进一步危害。
死亡猪只的舌尖样本正被考虑作为一种替代样本，用于猪场的稳定状态监测。然而，舌尖样本中可能含有污染物和PCR抑制剂，这会影响检测结果的准确性。因此，深入了解如何处理这些样本并优化检测条件，对于通过分子测试有效检测病毒至关重要。我们的研究目标是探讨不同处理和测试方案对舌尖样本中PRRSV检测的影响，以优化母猪群中PRRSV检测的灵敏度和特异性。
01、材料和方法
在PRRSV暴发后2-5个月内，研究人员对7个母猪场进行了访问。并在每个养殖场收集了20头死亡仔猪的舌尖样本。
使用不同的混合方法，n=20一组、n=5一组或单独检测；不同实验室处理技术舌尖液（TTF）与舌组织匀浆（TTH）对来自5个猪场的样本进行了测试。
将来自另外2个猪场的样品分别暴露在冷冻与冷藏的运输条件下，并分别在样品采集后的1、4和7天进行检测。
样本在明尼苏达大学兽医诊断实验室通过RT-PCR方法进行检测。
研究比较了在检测TTF和TTH时，不同混合样本的敏感性与单独检测样本时的敏感性。比较了TTF和TTH样本的循环阈值（Ct），以及样在-20°C下冷冻与在4°C下冷藏的储存方式对Ct值的影响。
使用线性回归模型来测量自样本采集后每天Ct的预期增加量。
02、结果
研究人员从7个农场收集了总共140个舌尖样本。在单独检测TTF时死亡仔猪感染PRRSV的比例在不同猪场之间差异很大，范围从0%-100%。而同时检测TTH时，感染率范围则为0%-45%。我们利用5个猪场评估了诊断准确性，以评估组织类型和混合方法对诊断准确性的影响：
假设TTF是金标准，单独检测TTH的敏感性为36%，特异性和阳性预测值均为100%，阴性预测值为76%。当样本以n=5的形式进行混合检测时，TTH的敏感性为75%，特异性和阳性预测值仍为100%，阴性预测值提高到86%。当样本以n=20的形式进行混合检测时，TTF和TTH的检测结果相似。从Ct值来看，TTF检测到的Ct值平均比TTH检测到的低2个单位。这些结果表明，检测TTF而非TTH能更灵敏地检测出PRRSV，且TTF检测到的Ct值更低。
假设TTH是金标准，以n=5的样本混合检测TTF与单独检测的一致性达到85%，出现3例假阴性结果；而以n=5的样本混合检测TTH与单独检测的一致性达到95%，出现1例假阳性结果。另一方面，以n=20的样本混合检测TTF的一致性为75%，出现1例假阴性结果；而以n=20的样本池检测TTH的一致性为100%。这些结果表明，与单独检测相比，样本池检测会降低对PRRSV的检测能力。
来自两个猪场的舌尖样本被用来模拟运输条件并评估两个因素对Cts的影响：储存条件（-20°C冷冻与4°C冷藏）和采集后的时间（1、4和7天）。总体而言，冷冻样品的Cts低于保存相同时间的冷藏样品（图1）。研究还发现，自采集以来每过一天，样品的Cts平均增加0.2个单位。这些结果强调了在运输过程中尽可能保持舌尖样本冷冻的重要性，同时也表明冷藏样品仍能产生阳性结果。此外，应尽量减少处理/运输延误，因为这会对样品的Ct值产生影响。
图1舌尖液（蓝色）和舌尖组织匀浆（红色）样本的Ct结果
03、结论和启示
这项研究表明，PRRSV舌尖RT-PCR检测的处理选择和环境会显著影响检测结果。虽然混合样本可以降低生产者的成本，但也会影响诊断准确性。因此，我们建议兽医与病理学家讨论具体的检测目标，因为根据检测的具体需求，混合样本在某些情况下仍然是可行的。
检测舌尖液体比检测舌尖组织匀浆更敏感，且Ct值更低。我们建议将舌尖液体作为PRRSV诊断的主要样本，这些信息有助于指导和优化实验室对舌尖样本的处理流程。
此外，我们的研究结果强调了储存条件对检测效果的重要性，这在样本从猪场运输时若遇到运输延迟的情况中显得尤为关键。尽量减少样本采集到检测的时间，对于后续可能的样本使用（如测序或病毒分离）至关重要。
舌尖样本是一种易于采集的样本类型，主要针对更有可能感染的动物（如死亡仔猪），从而避免了采集样本时的动物福利问题。
原文链接：https://www.nationalhogfarmer.com/livestock-management/optimizing-prrsv-detection
