艾奥瓦州诊断实验室的副教授兼诊断病理学家、兽医学博士Eric Burrough说，在诊断疾病和制定控制策略时，生产者和兽医应该“先考虑后果”。
许多常见的肠道病原体可能很难诊断，尤其是实验室检测并不总是等同于疾病诊断。不过，Burrough说，通过建立准确的病例定义和采样方案，兽医更有可能成功地发现病原体和确定治疗方案。
他说，管理疾病有五个要素，包括病例定义、采样、适当的诊断测试、干预和治疗结果的评估。
他补充并强调了：“重要的是要从结果开始。创建一个准确的病例定义和采样方案的重要性，以便在观察到的临床情况的背景下，可以适当地考虑任何检测到的病原体。”
Burrough说，最近在诊断方面的进展，包括直接检测分析和基因测序，已经提高了诊断的准确性，并可以帮助在治疗期间和之后发现猪群中的疾病。
轮状病毒的判断
轮状病毒（RV）在生产系统中很常见，很容易污染分娩和育儿系统，而新的菌株可能会导致临床问题。与大多数RNA病毒一样，它通常对许多消毒剂具有抗性，康复的猪通常仍是无症状的携带者。
Burrough解释说，轮状病毒被分为10个基因组（A到J），其中A到C在美国猪中普遍检测到。每个基因型都有许多血清型。
Burrough说：“轮状病毒组之间或组内几乎没有交叉保护，而且有许多基因型和血清型。在断奶猪中出现单一病毒病例是不常见的。随着时间的推移，猪经常排放多种轮状病毒。”
Burrough说，诊断应该通过临床症状和组织学，以及特定的实验室检测，包括对A、B和C组的聚合酶链反应（PCR）。他补充说，当存在多种轮状病毒时，直接检测分析（免疫组化/原位杂交）是一种更好的方法，以确定哪种病毒引起了所观察到的疾病，但这些分析并非通常适用于所有基因组，并强调寻找变异病毒片段的重要性。
“PCR后测序可以确定预期的血清型，”他说。“缓解措施在与预期的田间病毒相匹配时最为有效。将检测到的序列与商品疫苗株、自家产品和返饲病料的序列进行比较，有助于确定相关性。”
大肠杆菌的诊断
Burrough说，大肠杆菌通常从提交给大学兽医诊断实验室的诊断病料中分离出来，致病菌株和非致病菌株都很常见。
“致病性大肠杆菌菌株通常在血琼脂上溶血，但单独的溶血并不表示具有致病性。换句话说，溶血具有很高的诊断敏感性，但特异性较差，”他说。“肉眼病变是一个重要的证据。大肠杆菌定植沿小肠的长度发生在一些菌株中，但在其他菌株中可能是节段性的。”
他补充说：“我想通过微生物培养来确认小肠内的纯培养菌。”致病性溶血菌株通常具有光滑或光滑/黏液菌落表型。
“基因分型提供了对潜在致病性的确认，并且在无法用显微镜观察到细菌但仍然是一个临床问题的情况下非常有用。有了基因分型，你就不需要每一项证据—你只需要（对你的临床诊断）有足够的信心。”
短螺旋体结肠炎
Burrough说，从粪便中分离出强β-溶血性短螺旋体（B.hyodysenteriae,B.hampsoniiandsuanatina），传统上被用来检测猪痢疾（SD）的病原体。
猪痢疾是一种经济上重要的疾病，最常在生长肥育猪中观察到，特别是在断奶和饲料变化等应激反应后，它可以从母猪场垂直传播，因为感染的母猪往往是不明显的带菌者，也可水平传播。猪痢疾疫苗在美国还没有上市。
临床症状包括带有粘液和血液的严重腹泻，当强烈的β溶血性短螺旋体属（Brachyspira spp）时，可确认猪痢疾诊断。Burrough解释说，它是通过培养分离的，或者通过PCR对痢疾粪便进行PCR检测到猪痢疾的已知病因。
“曾经是短螺旋体属。被检测到，确认物种形成很重要，”他说。“培养提供了溶血表型；遗传（PCR）、生化和/或基于蛋白质的检测的组合对于确定性鉴定很有用。”
Burroughs说，最好的做法是防止引进，但在感染的情况下，大多数人宁愿治疗而不是减群。
他说：“MIC检测（定义为抑制可见生长的最低浓度抗生素）通常可以帮助做出治疗决策。”
“使用培养和PCR的结合来提高诊断的敏感性和特异性。在运输过程中冷藏样本，并从发病或可能有应激的猪身上采样。”
Burrough说，最终，成功的疾病控制需要超越简单的检测。诊断方法应具有足够的敏感性，以检测多种病原体和混合感染，而通过病变器官的组织病理学检查、直接检测技术、基因测序和基因分型可提高检测的特异性。
Burrough补充说：“检测结果的解释需要明确的临床背景，并可以通过具有高精确度的诊断工具进一步促进，如病原体的基因测序和直接检测分析，以确认病变内的病原体。”
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