上周我们分享了圆环病毒重组给圆环病的防控带来挑战，详戳：PCV2高重组率给猪圆环病防控带来更高挑战，如何应对这一难题？在选择PCV2疫苗时突显了广泛保护的重要性。
　　
　　近期对猪圆环病毒2型（PCV2）基因序列的分析表明，高达25%的田间菌株是不同基因型的重组体，在选择PCV2疫苗时突显了广泛保护的重要性。1
　　
　　硕腾研究员兼本研究的主要研究者——Meggan Bandrick（DVM, PhD）说：“PCV2一直是造成养猪业大量损失的原因，而疫苗接种可能是最有效的应对工具。”

　　Meggan Bandrick, DVM, PhD
　　
　　“然而，我们的分析证实，PCV2的演变迅速且包含了高比例的重组体，其中大部分包括PCV2a、b和d的基因片段。这是有意义的，因为PCV2a、PCV2b和PCV2d都是循环的。因此，猪肉生产商明智的做法是选择一种能够尽可能提供更大覆盖范围的疫苗，”她说。
　　
　　硕腾公司研究员根据GenBank（美国国立卫生研究院基因序列数据库）中获得的上千个PCV2基因序列进行了分析。通过研究2002年至2016年报告的3463个完整和部分PCV2序列，他们发现每种基因型的流行率随时间显著变化。
　　
　　2011年之前，PCV2a和PCV2b的报告率更高，但根据GenBank，自2014年以来，2PCV2d在全球和美国占主导地位，她指出。
　　
　　“超级簇”
　　
　　硕腾研究研究员Dennis Foss（DVM, PhD）说，迄今为止，已经描述了至少6个PCV2基因型，并提出了另外2个基因型。
　　
　　“大多数基因型可进一步按簇组织。我们分析鉴别出两个'超级簇'，由随时间推移的基因流证明：PCV2b/d和PCV2a，”他说（图1）。

　　图1 PCV2基因型的基因流显示两个主要簇：PCV2b/d和PCV2a
　　
　　簇8和6（圈出）为Fostera®Gold PCV簇内的PCV2b和PCV2a疫苗株，可预防猪肺炎支原体以及PCV2的Fostera®Gold PCV MH与Fostera Gold PCV有相同的疫苗株
　　
　　接下来，研究员们利用最先进的分子测序技术寻找重组体，该工作是同样身为硕腾研究员的Gonzalo Rincon, PhD主导项目的一部分。当两种病毒共感染一个单细胞并生成具有一些双亲遗传基因序列的后代时，就会发生重组。
　　
　　Rincon说，1980年至2017年间收集的来自41个国家的1037个全基因组序列中，19.4%为重组体，大多数含有来自两个超级簇的基因。
　　
　　他说：“我们进一步分析了所选161个序列的子集，因为它们是一个可管理的数字，代表了不同时间和地区PCV2的主要基因簇。”“其中，被发现属于重组体的占25%（40），证实了其他研究者的发现，即重组体占所有PCV2病毒的20%-35%。再次，我们分析的大部分重组体主要由主要循环基因型——2a、2b和2d组成。”3,4
　　
　　广泛的抗原覆盖
　　
　　根据Bandrick的研究，同时含有两个超级簇的基因的重组病毒比例高，进一步突显了选择PCV2疫苗时广泛覆盖的重要性。
　　
　　之前，来自硕腾的研究员检测了三种商业疫苗的抗原覆盖度，以确定哪种疫苗对重组PCV2田间菌株具有最佳的广泛保护潜力。5
　　
　　在那项研究中，Bandrick及其同事研究了T细胞表位，即病毒抗原中可被T细胞识别的部分。Bandrick解释道，T细胞通过杀死感染细胞（包括感染PCV2的细胞），在免疫应答中发挥至关重要的作用。
　　
　　研究员采用一种称为EpiCC的计算机化程序，对基因分析中使用的包含160个PCV2序列的相同的且具有全球代表性子集的T细胞表位进行了表征。随后，他们检测了三种商业PCV2疫苗——Fostera® Gold PCV（含有PCV2a和PCV2b）和两种商业疫苗（仅含有PCV2a）——检测它们与这些序列共有的T细胞表位的数量和质量。
　　
　　“采用EpiCC，我们绘制了疫苗抗主要PCV2基因型的覆盖范围图，使我们能够预测不同疫苗对猪在田间暴露病毒的免疫应答。Bandrick报告称：“分析表明，在我们检测的三种疫苗中，Fostera Gold PCV具有与重组T细胞表位相同的最多T细胞表位，包括来自美国的重组菌株。”
　　
　　“该表位重叠——结合其是唯一一个涵盖两个超级簇基因型的商业疫苗的事实——表明疫苗具有为基因多样性田间菌株提供最广泛可能覆盖范围的潜力。”
　　
　　参考文献：
　　
　　1 Data on file, Study Report Zoetis WO1, EpiCC PCV2 Analysis, Study No. B820Z-US-18-987, Zoetis LLC.
　　
　　2 Sayers, EW, et al.2020.GenBank.Nucleic acids research 48, D84-D86.
　　
　　3 Franzo G, et al.Porcine circovirus 2 (PCV-2) genotype update and proposal of a new genotyping methodology.2018.PLoS ONE 13 (12): e0208585.
　　
　　4 Franzo G, et al.Phylodynamic analysis of porcine circovirus type 2 reveals global waves of emerging genotypes and the circulation of recombinant forms.Mol Phylogen Evol 2016;100:269-280.
　　
　　5 Data on file, Study Report Zoetis WO1, EpiCC PCV2 Analysis, Zoetis LLC.
　　
　　原文链接：
　　
　　https://pighealthtoday.com/high-prevalence-of-pcv2-recombinants-highlights-importance-of-broad-vaccine-coverage/